FragMethyl-seq | illumina 5碱基测序技术驱动，一次测序解锁五维遗传与表观信息

cfDNA片段组甲基化测序 (FragMethyl-seq) 是基于illumina 5碱基测序技术的cfDNA多模态分析方案。一次建库、一次测序同时获取 DNA 甲基化、片段大小分布、末端序列、核心小体足迹及基因突变五维信息。无需亚硫酸盐转化完整保留 cfDNA 片段特征为液体活检提供从遗传到表观遗传的全景视角。技术优势1.5碱基测序一次建库同时读取 A/T/G/C5mC2.无需转化告别亚硫酸盐保留完整 cfDNA 片段3.多模态分析片段组学 甲基化组学信息互补4.单碱基分辨率甲基化定位精确到单个 CpG 位点低起始量 DNA在低于 10 ng cfDNA 的条件下仍可保持高文库复杂度与准确转化效率体细胞变异分析高灵敏度体细胞 SNV 检测适用于全基因组测序(WGS)及靶向富集测序(Enrichment)片段组学图谱分析在单次测序中获取 nucleosomal foot-printing 及甲基化的精准谱图应用场景多癌种早期筛查与诊断肿瘤组织溯源定位移植排斥反应监测微小残留病灶 (MRD) 检测疾病预后生物标志物研究甲基化生物标志物发现分析内容1. 原始数据质控2. 基因组比对3. 片段大小计算 (FSR)4. 片段大小分布计算 (FSD)5. 末端 motif (EDM) 和断点 motif (BPM) 分析6. CNV 与 SNP 突变位点分析7. 核心小体足迹分析8. 甲基化水平定量9. 差异甲基化区域筛选10. 组织来源反卷积分析11. 单/多癌种模型预测送样要求样本类型1. cfDNA, ≥1 ng/ 样本2. gDNA, ≥50 ng/ 样本。样本物种仅限人、大小鼠其他物种需评估。分析示例展示图 1. 患者与对照组血浆中肝脏来源 DNA 甲基化比例比较[1]图 2. 癌症多模型预测 AUC 和特征热图分布[2]图 3. 片段大小比 (FSR) 统计在健康和癌症之间的分布[3]图 4. 核心小体分布[4]参考文献[1] Sun K, Jiang P, Chan KC, et al. Plasma DNA tissue mapping by genome-wide methylation sequencing for noninvasive prenatal, cancer, and transplantation assessments. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Oct 6;112(40):E5503-12.[2] Wang S, Meng F, Li M, et al. Multidimensional Cell-Free DNA Fragmentomic Assay for Detection of Early-Stage Lung Cancer. Am J Respir Crit Care Med. 2023;207(9):1203-1213.[3] Cristiano S, Leal A, Phallen J, et al. Genome-wide cell-free DNA fragmentation in patients with cancer. Nature. 2019;570(7761):385-389.[4] Sun K, Jiang P, Cheng SH, et al. Orientation-aware plasma cell-free DNA fragmentation analysis in open chromatin regions informs tissue of origin. Genome Res. 2019;29(3):418-427.